フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使って選択的スプライシングを解析してみよう!

フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使って選択的スプライシングを解析してみよう!

弊社では発現用のマイクロアレイとして様々な製品をご用意していますが、中でも次世代型マイクロアレイのClariom Dは圧倒的なプローブ数で転写領域全体をカバーし、トランスクリプトーム解析に絶大な威力を発揮します。

Clariom Dの最大の特徴の一つはエクソンジャンクション部に設計されたプローブで、これにより選択的スプライシングを高精度で解析できます。次世代シーケンサーを用いたRNA-Seqでも選択的スプライシングは解析できますが、3億以上のリード数が必要とも言われており、解析にはコストや手間がかかります。次世代型マイクロアレイのClariom Dは簡便かつ低コストで選択的スプライシング解析ができる、弊社のフラッグシップアレイです。

ここでは、弊社のフリー解析ソフトを用いてClariom Dによるデータ解析の方法をご紹介したいと思います。

選択的スプライシング解析用のCHPファイルを作成する

今回選択的スプライシングの解析に使うマイクロアレイサンプルは、以下の記事でダウンロードしたものと同じものを使用します。ダウンロードが済んでいない場合はこちらの記事を参考にしてみてください。

こんなに簡単!マイクロアレイ解析のフリーソフトをダウンロードする方法こんなに簡単!マイクロアレイ解析のフリーソフトをダウンロードする方法
弊社ではマイクロアレイによる発現解析のためのフリーソフトをご用意しています。これにより、Clariom D や Clariom S のような最新の発現解析マイクロアレイの解析が誰でも簡単におこなえます。今回は弊社が提供している解析用フリーソフトのダウンロードの方法についてご紹介します。

ダウンロードしたZipファイルを解凍すると、「Clariom D Tissue Panel Sample Data」というフォルダが作成されます。今回はこの中にあるファイルをもとにして、選択的スプライシング解析用のデータを作成してみましょう。

まずExpression Console (EC) を起ち上げてください。(ECのダウンロード方法、および初期設定についてはこちら

ECを立ち上げると下記のような画面が出ますので、OKを押してください。

次にソフト右側にあるツールボックスをみてください。「Study」の下にメニューが並んでいるので、その中から「(1) Create New Study」を選択してください。

選択すると、下図のようなボックスが表示されます。ダウンロードしたサンプルデータを取り込ませるために、「Add Intensity」ボタンを押してください。

ファイル選択の画面が出てきますので、ダウンロードしてあったデータの入ったフォルダ(フォルダ名「Clariom D Tissue Panel Sample Data」)を選択しましょう。フォルダ内にあるファイルから、下図のように全部で8つのファイルを選択したらFile nameは空白のままOpenボタンを押します。

そうすると、以下のようにデータが取り込まれますので、次にRun Analysisボタンを押します。

下図のようにAnalysis方法を聞かれますので、プルダウンメニューより「Exon Level – SST-Alt Splice Analysis」を選択してください。

以下の様なメッセージが出ますので、空白のままOKボタンを押してください。

OKボタンを押すと解析用ファイルの作成が始まります。ファイルが作成されるまで15分程度かかると思いますので、しばらく待ちましょう。作業が完了すると、以下の様な画面になります。

これで解析に使うためのCHPファイルが完成しました。

CHPファイルをTACに取り込もう

続いてCHPファイルをTACに取り込んでみましょう。TACソフトウェアを立ち上げたら「Alternative Splicing Analysis」を選択します。

すると、以下の様な画面が表示されますのでImport Dataボタンを押しましょう。

ファイル選択の画面が出てきますので、ECで作成したCHPファイルが保存されているフォルダを選択してください。フォルダ内にあるファイルをすべて選択(Ctrl + A)したら、File nameは空白のままOpenボタンを押します。

CHPファイルが取り込まれると、下図のように表示されます。

次に、CHPファイルを条件別に振り分けていきましょう。各条件欄に、条件の名前をつけます。今回はそれぞれ「Liver」「Muscle」と入れてみましょう。

次にデータを条件欄に振り分けていきます。まずはLiverサンプルの4つ (Rep1, 2, 3, 4) を選択し、最初の条件欄の「+」ボタンを押しましょう。

同様にして、Muscleを条件欄に移していきます。

上記のように表示されたら、解析前の準備はすべて完了です。

解析を実行しよう

こうしてCHPファイルの取り込みと条件ごとの振り分けが完了したら、あとは解析をするだけです。

ソフトの下部にある「Browse」ボタンをおして解析実行ファイルの保存場所を指定します。解析実行ファイルの拡張子は「.tac」です。保存場所が指定できたら、Run Analysisを押してください。

解析が完了すると新しいウィンドウが開き、解析画面が表示されます。

以上で解析の実行は完了です。

まとめ

今回は選択的スプライシングを解析するため、WebからダウンロードしたマイクロアレイデータをECでCHPファイルに変換し、これをTACで読み込ませるところまで実施しました。

次回は解析データの見方についてご紹介することにしましょう。

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