フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使って発現解析してみよう!

フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使って発現解析してみよう!

弊社が提供するフリーのソフトを使うことで、マイクロアレイによる遺伝子発現データをどなたでも自由に解析できます。これまでに、フリーソフトのダウンロード、マイクロアレイのサンプルデータ取得、CHPファイルの作成、そしてTACソフトによる解析の実行をみてきました。今回は、前回作成した解析実行データの見方についてご紹介します。

解析結果をみてみよう

前回の記事では、解析が完了すると下記のような解析画面が出るところまで解説しました。

まずはこの画面についてみていきましょう。

左側の画面には解析結果のサマリーや、フィルター条件などが書かれています。中ほどに発現変動のあった遺伝子の数が記載されていますので、確認してみてください。デフォルトの設定では、Liverサンプルで発現が増加した遺伝子数は5481、減少した遺伝子数は5624と出ているはずです。

続いて左側の画面の「Table (Pairwise)」というタブを選択してみてください。以下の様な表が表示されたでしょうか?

この表には、発現変動のあった遺伝子の一覧が記載されています。

続いて右側の画面に着目してみましょう。こちらはLiverとMuscleの発現量を比較したスキャッタープロット (Scatter Plot) になっています。赤いプロットはLiverで発現が上昇している遺伝子、緑のプロットはLiverで発現が減少している遺伝子を表しています。灰色のプロットは、LiverとMuscleでの発現変動が2倍以下のために、解析から除外された遺伝子です。

実は右側のスキャッタープロットと左側の表は連動しています。試しにスキャッタープロットの任意の部分をマウスで囲ってみましょう。選択された部分は青くプロットされ、対応する遺伝子が表の中でハイライトされます。

逆に表の中の任意の遺伝子をクリックすると、その遺伝子に対応したプロットがスキャッタープロットで青く表示されます。

条件を色々と変えてみよう

次に、解析対象となる遺伝子を選ぶための条件を色々と変えてみましょう。

デフォルトの設定では、発現変動が2倍より大きく、かつANOVA p-valueが0.05未満のものが表示されるようになっています。この条件はSummaryタブの中の「Default Filter Criteria」からも確認できます。

今回はこの条件を、発現変動が10倍より大きいものに変更してみます。「Table (Pairwise)」タブが選択されていることを確認したら、「Fold Change」と表示されている場所を右クリックします。次に右クリックメニューより「Filter」を選択してください。

すると下記のようなボックスが表示されます。今はデフォルトの値が入っていますので、上側に「-10」、下側に「10」と入力してOKボタンを押し、新しい条件でフィルタリグをかけてみましょう。

これにより、10倍より大きく発現変動している遺伝子が新たに選び出されます。また、右側のスキャッタープロットは新たに選び出された遺伝子に対応した表示に変更されます。なお選び出された遺伝子数は表の下に表示されます。

変動遺伝子のクラスタリングとヒートマップの作成

先程までの操作で、10倍より大きく発現変動している遺伝子数が2052個にまで絞り込まれることが分かりました。次に、この遺伝子群をクラスタリングし、ヒートマップを表示させる方法について見ていきましょう。

右側の画面に「Hierarchical Clustering」というタブがありますのでクリックします。以下のように表示されていると思いますので、「Click to Perform Hierarchical Clustering Analysis」を押してください。

しばらくすると、下記のようなヒートマップが作成されます。

右側にあるZoomというバーを上下に動かすことで、ヒートマップの拡大縮小が自由にできます。

まとめ

今回はフリーの解析ソフトであるTACを使い、マイクロアレイデータを用いて遺伝子発現解析をするための基本的な使い方について解説していきました。

次回はいよいよ応用編として、TACを使った選択的スプライシング (Alternative Splicing) 解析の方法について見ていくことにしましょう。

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