フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使って遺伝子発現データを取り込もう!

フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使って遺伝子発現データを取り込もう!

弊社ではマイクロアレイによる遺伝子発現データを解析するためのソフトをフリーで提供しています。今回は弊社が用意しているサンプルデータをダウンロードし、実際に解析ソフトに取り込ませる方法についてみていきましょう。

ソフトのインストールと起動

マイクロアレイのデータを取り込むためには、Expression Console(EC)を使用します。ECをダウンロードしたらダウンロードファイルを展開し、下記のファイルをダブルクリックしてインストールを開始しましょう。
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インストールが無事完了するとデスクトップにショートカットアイコンが作成されますので、これをダブルクリックします。
install-microarray-software-fig2
するとECが立ちあがります。初回起動時には空欄が表示されていますので、任意の名前を入力してください(下記の画面では「Affy」と入力してあります)。
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OKボタンを押すと、下記のような画面が表示されます。
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ここではデータ取り込みの際に使用する「library file」と呼ばれるファイルの保存先を指定します。この際、保存先に「デスクトップ」などの日本語文字が含まれないようにしてください。

Library Fileのダウンロード

続いてLibrary Fileのダウンロードをおこないます。

Library Fileはサンプルデータを解析するために必要なファイルで、マイクロアレイのタイプごとに用意されています。ダウンロードはソフトから簡単におこなえますので、その方法についてみていくことにしましょう。

ECを立ち上げたら、ソフト上部にあるFileを選択し、その中から「Download Library Files」をクリックします。
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すると以下の様なボックスが表示されますので、あらかじめ登録しておいたNetAffxの情報を入力します。
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OKボタンを押してしばらくすると以下の様な画面が表示されます。この中から、今回はClariom D Humanを選びましょう。
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チェックボタンにチェックをいれ、Downloadボタンを押すとダウンロードが開始されます。

以上でLibrary Fileのダウンロードは完了です。

サンプルデータのダウンロード

次にECに取り込ませるためのサンプルデータをダウンロードしてみましょう。

弊社では解析ソフトで様々なデータを試せるように、Webから自由にサンプルデータをダウンロードできます。今回は発現解析用のマイクロアレイの中でも最も高性能であるClariom Dのデータをダウンロードしてみましょう。

まず、ヒト用のClariom Dの製品ページを開きます。

ヒト用Clariom Dの製品ページ

製品ページを開いたら、以下の場所の「Tools & Data」のタブをクリックしましょう。
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タブをクリックすると以下のように表示されますので、Sample Dataの下にある「Clariom D Human Assay」をクリックします。
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クリックをするとZipファイルのダウンロードが始まります。ダウンロードが完了したらZipファイルを解凍しましょう。この際、解凍先は「デスクトップ」などの日本語文字が含まれない場所を選ぶようにしてください。

解凍フォルダには以下の様なファイルが入っているはずです。
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サンプルデータを取り込もう

ここまで来たら、いよいよサンプルデータをソフトに取り込みましょう。

まず、ソフト右側にあるツールボックスを見てください。下図のように「Study」の下にメニューが並んでいることを確認し、その中から「(1) Create New Study」を選択してください。
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選択すると、下図のようなボックスが表示されます。ダウンロードしたサンプルデータを取り込ませるに、「Add Intensity」ボタンを押してください。
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ファイル選択の画面が出てきますので、さきほどダウンロードしたデータの入ったフォルダ(フォルダ名「Clariom D Tissue Panel Sample Data」)を選択しましょう。フォルダ内にあるファイルをすべて選択(Ctrl + A)したら、File nameは空白のままOpenボタンを押します。
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そうすると、以下のようにデータが取り込まれますので、次にRun Analysisボタンを押します。
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下図のようにAnalysis方法を聞かれますので、今回はそのまま「Gene Level – SST-RMA」を選択してください。
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以下の様なメッセージが出ますので、空白のままOKボタンを押してください。
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OKボタンを押すと解析用ファイルの作成が始まります。ファイルが作成されるまで5分程度かかると思います。作業が完了すると、以下の様な画面になります。
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このように、拡張子が「.chp」のファイルが作成されていることを確認してください。このファイルはCHPファイル(チップファイル)と呼ばれ、TACソフトウェアによる発現解析の際に用いられます。

まとめ

今回は弊社のWebページからマイクロアレイのサンプルデータをダウンロードし、実際にソフトウェアに取り込ませる作業を解説しました。最終的にはTACソフトウェアの解析で使用するためのCHPファイルの作成までおこなってみました。

次回は解析データに問題がないかを確認するQC (Quality Check) の作業をおこなってみましょう。

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