TaqMan®かSYBR® Greenかで迷わない|今こそ本気で徹底理解! リアルタイムPCR講座 第18回

TaqMan®かSYBR® Greenかで迷わない|今こそ本気で徹底理解! リアルタイムPCR講座 第18回

スピードを重視する研究の現場で、リアルタイムPCRシステムには今、何が求められるのでしょうか。前回に引き続き、弊社の製品群で解説していきます。

まずご紹介したいのが、弊社のリアルタイムPCRシステムに付属されているソフトウェア「Primer Express®」と、ケミストリ「TaqMan®」「SYBR® Green」です。

Primer Express® ソフトウェア、何ができるの?

ユニバーサルな条件で機能するプライマーを簡単に設計できるソフトウェアです。

マスターミックス試薬の組成も計算されており、アンプリコンの長さ、GC含量、Tm値やプライマーがとりうる二次構造など、様々なパラメータを考慮した結果が出力されます。初心者でもすぐにリアルタイムPCRを始められる簡便な操作性を備えながら、既知のSNPを避けて設計するといった高度なニーズにも応えます。プライマーのアニーリングの特異性を高めるためにTm値を高く設定するといった、独自の系にも対応しています。

Primer Express® ソフトウェア、ケミストリとの相性は?

TaqMan®とSYBR® Green、2種類のケミストリに共通のアルゴリズムでプライマー設計できるのが、Primer Express®の特徴です。

両ケミストリを共通のPCR条件下でつかえるので、TaqMan®とSYBR® Greenをそれぞれの利点に合わせてつかい分け、実験の自由度を高めることができるというわけです。

TS白神
例えば、はじめにSYBR® Greenの系をつかって解析したが良いデータが得られなかったとします。そんなときは、TaqMan®の系に移行することで解決の糸口が見えるかもしれません。スクリーニングにはSYBR® Greenケミストリ、精密な解析にはTaqMan®ケミストリとつかい分けをする場合も、同一反応条件のPCRプレートで解析できるのです。

なるほど。いろいろな実験条件に応用できそうですね。次回は、デザイン済みのレディーメイドアッセイ「TaqMan® Gene Expression Assays」を紹介します。

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