SNPタイピングを短時間で効果的に!TaqMan®プローブの5つのメリット | 今こそ本気で徹底理解! リアルタイムPCR講座 第32回

SNPタイピングを短時間で効果的に!TaqMan®プローブの5つのメリット | 今こそ本気で徹底理解! リアルタイムPCR講座 第32回

前回まででリアルタイムPCRシステムを使ったSNPタイピングを見てきましたが、今回はその強力なサポーターをご紹介します。TaqMan®プローブを使うことで、反応系の構築や条件検討に時間を費やすことなく、短時間で効果的なSNPタイピングが実現しますよ。

TS白神
TaqMan®プローブを利用するSNPタイピング用試薬のTaqMan® Genotyping Assaysを使うことで、以下の様なメリットがあります。

短時間で結果が得られる
ゲノムDNAと試薬の混合 → リアルタイムPCR装置で反応(1時間半) → 蛍光検出 のステップが2時間以内で行なえるので、大量のサンプルや対象となるSNPが多い場合でも高速タイピングが可能です。
試薬の混合、サンプルの移し変えや移動がほとんどない
ゲノムDNAと試薬を混合後にフタをすると、精製やチューブの移し変えの必要がなく、反応チューブの開閉の必要がありません。そのため、実験の手間がかからないのみならず、コンタミネーションやハンドリングのミスを回避できます。
微量なゲノムDNAから検出できる
96ウェルプレートで反応を行う場合は数10ng程度、384ウェルプレートの場合では数ng程度のゲノムDNA量でSNPタイピングできるので、貴重なサンプルからの微量なゲノムDNAでも安心してタイピングできます。
人種毎のマイナーアレル頻度情報を入手可能
SNPタイピング試薬、TaqMan® Genotyping Assaysは15万種以上のSNPマーカーに対応しています。さらに一定数のSNPマーカーは4人種での頻度情報を公開しているので、日本人で有用なSNPマーカーを選択することも可能です。特に関連解析、連鎖解析や候補遺伝子領域が絞り込まれている場合にはSNPマーカーを利用して研究を最終段階へ進めることが可能です。また、この試薬はすでにvalidationが終了しているので、実験系の組み立てや条件検討等の手間のかかるステップを省略できます。
SNP検出用のプローブ&プライマーの設計&合成を依頼できる
弊社ではTaqMan® Genotyping Assaysとして、研究者の方が独自に同定したSNPに関しても、SNP近傍の配列情報を提示いただくことで最適なTaqMan®プローブ&プライマーセットを設計・合成するサービスを行っています。さらに、Custom TaqMan® Genotyping Assaysでは、ヒトSNPの場合に45人分のゲノムDNAを用いてSNPタイピングが可能かどうか確認を行った上で、皆様のお手元にお届けしています。

弊社では、ほかにもセレラの優れたデータベースを基にした統合型データベースCELERA DISCOVERY SYSTEMSMサービス、SNP情報、そしてセレラや公的データベースの情報を基に作成されたレディメイドのSNPタイピング試薬等などでSNPタイピングをトータルにサポートします!

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