フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使ってCHPファイルをTACソフトに取り込もう!

フリーのマイクロアレイ解析ソフトを使ってCHPファイルをTACソフトに取り込もう!

前回は弊社のホームページにある発現解析マイクロアレイのサンプルデータをダウンロードし、ECと呼ばれるソフトウェアによって解析用ファイルを作成する手順をご紹介しました。

ECを使うと、発現解析用のデータとして拡張子が「.chp」のファイルが生成されます。このファイルは、これから紹介するTranscriptome Analysis Console (TAC) と呼ばれる解析ソフトで使用するためのもので、CHPファイル(チップファイル)と呼ばれています。

今回はTACによるマイクロアレイデータの解析準備として、CHPファイルをTACソフトに取り込む方法について解説します

TACのインストール

まずはTACをインストールしましょう。ソフトのダウンロードがお済みでない方は、下記の記事を参考にしてダウンロードしておいてください。

こんなに簡単!マイクロアレイ解析のフリーソフトをダウンロードする方法

ダウンロードファイルを解凍したら、下記のファイルをダブルクリックしてインストールを開始しましょう。

インストールが無事完了するとデスクトップにショートカットアイコンが作成されますので、これをダブルクリックします。

するとTACが立ちあがります。今回は「Gene Level Differential Expression Analysis」を選択してください。

すると、以下の様な画面が表示されます。初回起動時の設定をしますので、下図の「Preferences」タブを選択してください。

Preferencesタブを選択すると、下記のような画面になります。そこで「Browse」ボタンを押し、Library Fileの保管場所を指定します。この際、EC(Expression Console)で指定したLibrary Fileの保管場所と同じフォルダを指定するようにしてください。

次に、Library Fileをダウンロードします。下図のように、「Download Array Type Files」を選択してください。

すると下図のようなボックスが出ますので、ここにNet Affxへの登録情報を入力します。

しばらく待つと下記のような画面が出ますので、Clariom D Humanを選択し、Downloadボタンを押してください。

ダウンロードが完了したら、初回起動時の準備は完了です。

CHPファイルを読み込もう

次に、ECで作成したCHPファイルをTACで読み込みましょう。下図の場所にあるNew Analysisタブを選択してください。

下図のように表示されますので、CHPファイルを取り込んでみましょう。Import Dataボタンを押してみてください。

ファイル選択の画面が出てきますので、ECで作成したCHPファイルが保存されているフォルダを選択しましょう。フォルダ内にあるファイルをすべて選択(Ctrl + A)したら、File nameは空白のままOpenボタンを押します。

CHPファイルが取り込まれると、下図のように表示されます。

次に、CHPファイルを条件別に振り分けていきましょう。今回のサンプルファイルには「Liver」「Muscle」「Spleen」「Testes」の4種類のデータが入っています。今回はこの中から「Liver」と「Muscle」だけを解析に使ってみましょう。

各条件欄に、条件の名前をつけます。今回はそれぞれ「Liver」「Muscle」と入れてみましょう。

次にデータを条件欄に振り分けていきます。まずはLiverサンプルの4つ (Rep1, 2, 3, 4) を選択し、最初の条件欄の「+」ボタンを押しましょう。

同様にして、Muscleを条件欄に登録します。

上記のように表示されたら、解析前の準備はすべて完了です。

解析を実行しよう

こうしてCHPファイルの取り込みと条件ごとの振り分けが完了したら、あとは解析をするだけです。

ソフトの下部にある「Browse」ボタンをおして解析実行ファイルの保存場所を指定します。解析実行ファイルの拡張子は「.tac」です。保存場所が指定できたら、Run Analysisを押してください。

解析が完了すると新しいウィンドウが開き、解析画面が表示されます。

以上で解析の実行は完了です。

まとめ

今回はECで作成したCHPファイルをTACに取り込ませる方法と、解析を実行するための手順について見ていきました。

次回は引き続き、TACソフトウェアを用いた発現解析データの見方についてみていきましょう。

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