ヒト血漿中のcfDNAを効率的に回収し、信頼性の高いがんゲノムシーケンスへ(山梨県立中央病院ゲノム解析センター 弘津陽介氏)-「NEXT」2018年10月号掲載

ヒト血漿中のcfDNAを効率的に回収し、信頼性の高いがんゲノムシーケンスへ(山梨県立中央病院ゲノム解析センター 弘津陽介氏)-「NEXT」2018年10月号掲載

磁性ビーズMagMAX cfDNA Preparation キットと自動精製システムKingFisher Duo Primeを活用

弘津陽介 氏(山梨県立中央病院ゲノム解析センター研究員/ゲノム検査科チーフ)

弘津陽介 氏( 山梨県立中央病院ゲノム解析センター研究員/ゲノム検査科チーフ)

がんの病態解析、治療の奏功性、薬剤の選択など、臨床分野におけるがんゲノム解析の重要性が増しています。山梨県立中央病院ゲノム解析センターの弘津陽介氏は、研究の一環として、がんの患者さんの血漿や尿からセルフリーDNA(cfDNA)を回収し、複数のがん種における多様な遺伝子解析を実施しています。「抗がん剤の奏功性を経時的に調べる場合など、解析したい日時の患者さんのサンプルは一度しか得られず、非常に貴重。サンプル調製には失敗が許されません」と語ります。弘津氏に最新のがんゲノム研究とサンプル調製のポイントを伺いました。

免疫チェックポイント阻害剤の効果予測におけるcfDNAの有用性の検討

「昨年、免疫チェックポイント阻害剤の治療効果をcfDNAで検証できるかどうか、すでに治療が終了した患者さんの保存サンプルで実施してみました。治療前後の血漿からcfDNAを回収し、カスタム作成した肺がん用の遺伝子パネルを使って次世代シーケンサでターゲットシーケンスを行うと、治療開始6-14日目という、かなり早い段階から薬の効き目が予測可能という結果を得ました。将来的には抗がん剤の効き目を迅速に見極め、効果がないと予測される方には異なる薬を選択するための情報として活用できればと思います」と弘津氏は話します。

磁性ビーズと自動化システムでcfDNA回収を簡便化

「以前はカラム式の精製キットを使っていましたが、吸引に時間がかかり、多検体処理は手間がかかります。また、ビーズ式精製も実験経験が浅い人がマニュアルで行うと、ビーズを吸い取ってしまったり、ビーズからの溶出時に乾燥させてしまうなど、手間や時間がかかり、気を使う作業でした。そこで2年ほど前から磁性ビーズと自動化システムを組み合わせてcfDNAの回収を効率化しました。サンプルと試薬を機械にセットするだけなので、初心者でも個人差もなく、しかも再現性良くcfDNAを回収できます」と弘津氏。「またこの組み合わせであれば、血漿や尿など2-5mL単位のサンプルを処理できます。検討した他社製品では、スタート時のサンプル量が数百μL程度なので、微量なcfDNAを効率的に回収するには工夫する必要があり、大変でした」と続けます。「現在10-20本程度のサンプルを月に1,2回のペースで処理していますが、このシステムでほぼ対応できています。ただしサンプル数は変わらなくても複数の遺伝子パネルを使う場合もあるので、さらにスループットを高めていきたいですね」。ルーチンのサンプル調製を効率化し、弘津氏は臨床への応用研究へと一層集中していきます。

※‘Very early response of circulating tumour–derived DNA in plasma predicts ef-cacy of nivolumab treatment in patients with non–small cell lung cancer’Eur J Cancer. 2017 Nov;86:349-357 Iijima Y. Hirotsu Y. et.al

微量な血中循環DNA(cfDNA)を効率良く単離
MagMAX Cell-Free DNA Isolation Kit

MagMAX Cell-Free DNA Isolation KitApplied Biosystems™ MagMAX™ Cell-Free DNA Isolation Kitは血清や血漿、尿などの生体サンプルから、cfDNAを分離するキットです。磁性ビーズテクノロジーにより、高品質なcfDNAを簡単に単離できます。

  • KingFisher シリーズとの併用で40分以内に分離
  • 血漿、血清、尿から、100 μL-10 mLと幅広いサンプル量に対応]
  • 最終ボリュームは15-50 μL、フェノールフリーの溶出可能
  • マニュアルにも自動化にも対応するフレキシブルなフォーマット
  • プロテアーゼKなしでもタンパク質の混入は最小限

MagMAX Cell-Free DNA Isolation Kitの詳細情報はこちらから

短時間で高純度な核酸を自動精製
KingFisher Duo Prime

KingFisher Duo PrimeThermo Scientic™ KingFisher™ Duo Primeは、MagMAXシリーズを始め、磁性ビーズを使う核酸・タンパク質精製の自動化システムです。

  • 6または12サンプルを同時精製(連続処理で最高24サンプル)
  • 専用の24または96 ディープウェルプレートを使用
  • BindItソフトウェアを標準添付し、オリジナルプロトコルの作成や既存のプロトコルの編集が可能
  • 生体分子との親和性の低いポリプロピレン製を使用し、精製収量や再現性を高める優れた形状の専用プラスチック消耗品を提供

KingFisher Duo Primeの詳細情報やデモ依頼はこちらから

ライフサイエンス情報誌「NEXT」

当記事はサーモフィッシャーサイエンティフィックが発刊するライフサイエンス情報誌「NEXT」2018年10月号からの抜粋です。

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